Да, есть автоматическая привязка платежей к счетам покупателям и поставщиков, к отгрузкам, приемкам, а также в договорам, если они найдены по названию в назначении платежа.
Если вдруг в вашем случае привязка не сработала, напишите нам в чат, посмотрим, разберемся.